Selama berdinas, Jenderal TNI (Purn) Djoko Santoso dianugerahi berbagai penghargaan Bintang Jasa/Tanda Jasa diantaranya Bintang Dharma, Bintang Yudha Dharma Utama, Bintang Kartika Eka Paksi Utama, Bintang Yudha Dharma Pratama, Bintang Kartika Eka Paksi Pratama, Bintang Yudha Dharma Nararya, Bintang Kartika Eka Paksi Nararya dan Satyalencana Seroja.
Sebagai wujud penghormatan terakhir dan bela sungkawa atas meninggalnya mantan Panglima TNI ke-16, Tentara Nasional Indonesia menyatakan berkabung mengibarkan bendera setengah tiang selama tujuh hari (10 S/d 17 Mei 2020) di seluruh jajaran TNI di seluruh Indonesia. (Puspen TNI/Red).
